نظراً لمكانة القاهرة التاريخية كأحدى أهم العواصم الرئيسية فى العالم وظهور الكثير من مشاكل النقل بها نتيجة للزيادة المطـردة للسكان لذا قامت الحكومة المصرية بدعـــوة العديد من بيـوت الخبرة المتخصصة فى مجال النقل لعمل دراسـات ميدانية لمشاكـل النقل بالقاهرة بدءاً من خمسينيات القرن الماضى إلى وقتنا الحالى.
ولمواجهة متطلبات تغير الخـريطة الديمجرافية للقاهـرة الكبرى و ظهور عدة تجمعات سكنية ذات كثافات كبيرة على أطرافها أدى ذلك إلى ضرورة دراسة تعديل شبكة خطوط مترو الأنفاق لتخدم المجتمعات العمرانية الجديدة ( 6 اكتوبر - القاهرة الجديدة - الشروق - العاشر من رمضان) بحيث أصبح فى نهاية كل خـط محطة تبادلية لوسائل النقل المختلفة لتخفيف العبء المرورى على كافة محاور القاهرة .
تم تأسيس الهيئة عام 1983 بالقانون رقم 113 لسنة 1983 للقيام بأعمال الدراسات والتصميم والتنفيذ لمشروعات الأنفاق والمترو فى جمهورية مصر العربية وإجراء الدراسات والبحوث الفنية والإقتصادية للمشروع وللمشروعات المرتبطة به بالتعاون مع الخبرات والشركات المحلية والأجنبية ، وتقوم الهيئة القومية للأنفاق بعد الإنتهاء من دراسة وتنفيذ المشروعات بتسليمها إلى الأجهزة المختصة للتشغيل .
تم تعديل قانون الهيئة بالقانون رقم 33 لسنة 2018 لزيادة نطاق عملها ليشمل مشروعات النقل السككي ذو الجر الكهربائي والسماح للهيئة بالشراكة مع كيانات أخرى حكومية وخاصة في أعمال التصميم والتنفيذ والتشغيل لخطوط النقل السككي ذو الجر الكهربائي .
صدر فى سبتمبر 2020 القانون رقم ١٨٠ لسنة ٢٠٢٠ لتعديل قانون الهيئة حيث يستهدف تحويل الهيئة القومية للأنفاق الى هيئة عامة اقتصادية لمنح مرونة وحرية للهيئة لدى ممارستها لدورها واستثمار أموالها من خلال أنشطة اقتصادية تسهم في تغطية مصروفات تشغيل وصيانة المشروعات التابعة لها خارج الموازنة العامة للدولة.
قد أوصت جميع الدراسات بضرورة تنفيذ شبكه خطوط مترو أنفاق القاهرة الكبرى التي تتكون من الخطوط الآتية :
الخـط الاول : ( حلـوان - المرج الجديدة ) بطـول 44 كم والذى تم تشغيلة بـدءاً مـن عام 1987.
الخط الثانى : ( شبرا الخيمة - المنيب ) بطـول 21.6 كم والذى تم تشغيله بدءاً من عام 1996.
الخـط الثالـث : ( عدلي منصور - إمـبابـه - جامعـة القاهرة ) بطـول 41.2كـم تقريباً والذى تـم تشغيله بدءاً من عــام 2012 وجـارى تنفيذ المرحلة الثالثة ( العتبه - الكيت كات - إمبابه - جامعه القاهرة) بطول 17.7 كم ومن المخطـط إفتتاحها على ثلاثة مراحل
الخط الرابع : ( حدود مدينة 6 أكتوبر - القاهرة الجديدة) بطـول حـوالى 42 كم – جارى تنفيذ المرحلة الأولى.
الخط السادس : ( المعادى الجديدة - الخصوص ) بطول35 كم - تحت الدراسة.
ذلك بالاضافة إلي مشروعات الجـر الكهربائي التي تقـوم الهيئة بتنفيذهـا تزامنا مع خطة التنمية المستدامة التى ينفذها
فخامة الرئيس / عبد الفتاح السيسى في إنشاء مجتمعات عمرانية جديدة في شرق القاهرة و غربها و العاصمة الإدارية الجديدة فكان لابد من توفير وسائل نقل لسكان هذه المناطق و تسهيل الانتقال اليها فقامت الهيئة بانشاء وسائل للنقل الجماعي كالتالي:
القطار الكهربائي : (مدينة السلام - العاشر من رمضان - العاصمة الادارية الجديدة) بطول 103.3 كم.
مونوريل شرق النيل : ( استاد القاهرة – العاصمة الإدارية الجديدة ) بطول 56.5 كم.
مونوريل غرب النيل : ( جامعه الدول العربية – مدينة السادس من أكتوبر ) بطول 42 كم.